جوهر‌های زیستی از مواد طبیعی یا سنتز شده‌ی زیست‌سازگار تشکیل شده اند که محیطی‌ را برای رشد یا تمایز سلول‌ها در یک ماتریس خارج سلولی فراهم می‌کنند. جو‌هر‌های زیستی بر پایه‌ی زیست‌پلیمر‌هایی نظیر ژلاتین، کلاژن، آلژینات یا سایر موادی که دارای خواص زیست‌سازگاری هستند، می‌باشند. هم اکنون در صنعت چاپ سه‌بعدی زیستی، پیشرفت‌هایی در زمینه طراحی و ساخت جوهر‌های زیستی جدیدی حاصل شده است که امکان ایجاد بافت‌های مختلف بدن با ساختار‌های سه بعدی پیچیده را فراهم می‌کند.

جوهرهای زیستی مورد استفاده در بایوپرینترها جهت ساخت بافت‌های مصنوعی و ارگانهای بدن به دو دسته ی اصلی تقسیم می‌شوند: دسته‌ی اول جوهرهای زیستی حاوی سلول و دسته ی دوم جوهرهای زیستی بدون سلول؛ داربست های ساخته شده توسط جوهرهای زیستی نوع اول شامل بیومتریال ها و سلول های زنده می باشند که جهت بازسازی ساختارهای سه بعدی و بافت‌های آسیب‌دیده توسط بایوپرینترها تولید می‌شوند؛ در نتیجه داربست های ساخته شده شروع به تخریب کرده، و سلولهای زنده‌ی کپسوله شده رشد می کنند و فضا را اشغال می کنند تا بافت‌های از پیش طراحی شده را ایجاد کنند. دسته ی دوم جوهرهای زیستی که فاقد سلول‌ زنده می‌باشند جهت ایجاد ساختارهای یکسان با ساختار طبیعی بافت‌های بدن استفاده می‌شوند. جوهر‌های زیستی باید دارای خواص مناسبی نظیر: قابلیت پرینت، استحکام مکانیکی، زیست تخریب پذیری و خواص مناسب بیولوژیکی نظیر زیست سازگاری و بایواکتیویتی باشد.